Este Eva es el prototipo y modelo de pruebas de Nerv. Es pilotado por Rei Ayanami (el “Primer Niño”). Es bastante complejo para pilotar y tiene un solo ojo. Al principio fue muy problemático ya que alcanzaba el modo berserker inesperadamente y causó un grave accidente en el que Rei estuvo a punto de morir. Muchos piensan que se debe a la inestabilidad emocional de Rei. Fue seriamente dañado en la batalla contra el quinto ángel, momento en el que se le incluyeron las palas y se le cambió el color.

Es el segundo prototipo creado por Nerv y el de más complejo uso. Es pilotado por Shinji Ikari “El tercer niño”. Tiene una personalidad muy fuerte y quizá sea el único Evangelion que siente un poco de aprecio por su piloto y sus creadores. De hecho, salvó la vida de Shinji incluso antes de pilotarlo. Tiene una capacidad increíble para alcanzar el modo berserker y asimiló el dispositivo S2, al comerse a un ángel. A pesar de todo, es el Evangelion que menos inestabilidad de todos sufre al cambiar de piloto, pudiendo ser pilotado por Rei o por el Dummy Plug. Tiene una configuración de dos ojos y es el que más aspecto humano posee. Quizá sea la máquina de guerra perfecta.

Este Evangelion fue creado en la sede de Nerv en Estados Unidos. Su configuración es muy parecida a la del prototipo 01, aunque posee características especiales como la facultad de alargar las extremidades unas cuatro veces más de lo normal. Se pensó para ser pilotado por Touji Suzuhara “El Cuarto Niño”, aunque durante su transporte fue infectado por el ángel Bardiel, pasando Touji a ser un simple viajero. De éste modo tuvo que enfrentarse a los Evangelions 00, 01 y 02, siendo finalmente destruido por Shinji y el 01. Este incidente ocasionó que Touji perdiera su pierna izquierda.

Lo cierto es que muy poco se sabe sobre este Evangelion. Desapareció junto con la segunda sede de Nerv mientras se experimentaba el implante del dispositivo S2. Aunque no hay ninguna información clara se supone que sus características son muy parecidas a las del Evangelion 03.

Son Evangelions fabricados en serie. Poseen el dispositivo S2, de modo que ya no dependen del cable de alimentación para seguir funcionando. Ya no llevan las palas y tienen la posibilidad de volar. Todos van armados con una copia de la lanza de Longinus y son pilotados por el Dummy Plug. La destreza combativa de estos Eva´s sólo es comparable con la del prototipo 01.