Es el segundo prototipo creado por Nerv y el de más complejo uso. Es pilotado por Shinji Ikari “El tercer niño”. Tiene una personalidad muy fuerte y quizá sea el único Evangelion que siente un poco de aprecio por su piloto y sus creadores. De hecho, salvó la vida de Shinji incluso antes de pilotarlo. Tiene una capacidad increíble para alcanzar el modo berserker y asimiló el dispositivo S2, al comerse a un ángel. A pesar de todo, es el Evangelion que menos inestabilidad de todos sufre al cambiar de piloto, pudiendo ser pilotado por Rei o por el Dummy Plug. Tiene una configuración de dos ojos y es el que más aspecto humano posee. Quizá sea la máquina de guerra perfecta.