Según una parte de la Biblia que se perdió en la Edad Media, Lillith es la primera mujer de Adán, la cual le rechazó y quedó confinada en La Tierra. Se supone que es la fuente de toda vida y que de Adán y Lillith nacieron todos los malos espíritus. Lillith es el Segundo Ángel que contactó con Adam causando el Segundo Impacto. Durante toda la serie aparece en la Central Dogma de Nerv, crucificada y con la Lanza de Longinus atravesándola para evitar que se regenere. Tiene una extraña cara con siete ojos. Su verdadero papel es un poco confuso, puesto que el objetivo de los ángeles es el Adam pero igualmente si un ángel toca a Lillith se producirá el Tercer Impacto. Al final de la serie Lillith se unirá con Rei formando Lilim, pero por alguna causa perderá su campo AT cuando el Eva-01 se niegue a unirse a ella. Entonces se desintegrará quedando confinados en La Tierra los espíritus que lleva dentro.