Este Eva es el prototipo y modelo de pruebas de Nerv. Es pilotado por Rei Ayanami (el “Primer Niño”). Es bastante complejo para pilotar y tiene un solo ojo. Al principio fue muy problemático ya que alcanzaba el modo berserker inesperadamente y causó un grave accidente en el que Rei estuvo a punto de morir. Muchos piensan que se debe a la inestabilidad emocional de Rei. Fue seriamente dañado en la batalla contra el quinto ángel, momento en el que se le incluyeron las palas y se le cambió el color.

Rei Ayanami es la misteriosa “Primera Niña”. Se caracteriza por tener el pelo azul y los ojos rojos. Nadie, o casi nadie, sabe de donde viene ni cuando nació. Es una chica muy anti-social, que no sabe porque vive ni por qué debe tener sentimientos hacia los demás. Se puede decir que ni siquiera comprende por qué siente.

Rei no siente ningún afecto ni por ella misma, su vida no tiene valor y siempre está dispuesta a hacer lo que le ordenen sus superiores aunque en ello le vaya la vida. De hecho, siempre es ella la que se lleva los ataques más potentes de los ángeles. En cierta ocasión, Asuka comentó que Rei era al menos un millón de veces peor que Shinji a la hora de relacionarse con la gente (y ya es decir). Más adelante se descubrirá que Rei ha sido creada genéticamente a partir de…no se sabe, pero seguro que está relacionado con los ángeles, y que la Rei que aparece durante casi toda la serie es la número dos. Parece que Rei I fue asesinada por Naoko Akagi al descubrir que Rei tenía demasiadas similitudes con Yuri Ikari. Además, esa primera Rei parecía ser bastante malvada. Rei II será “la más sociable” y la única que sienta afecto por los humanos, especialmente por Shinji y su padre. Algo que no se comprende muy bien es la extraña relación que Rei tiene con Shinji cuando alguno de los dos se encuentra inconsciente (se suelen ver hablando sólos en un tren). A la muerte de Rei II, aparecerá Rei III, una chica que se extraña de volver a estar en el mundo, olvidará todo sentimiento por los humanos y al fin comprenderá su cometido que es…

La verdad es que Rei es uno de los personajes más emblemáticos de la serie, quizá por su parecido con Shinji, siempre con sus reflexiones metafísicas. Además Rei también es experta en sacar de quicio a Asuka. Lo cierto es que la importancia de Rei es clave en Evangelion.