Es el segundo prototipo creado por Nerv y el de más complejo uso. Es pilotado por Shinji Ikari “El tercer niño”. Tiene una personalidad muy fuerte y quizá sea el único Evangelion que siente un poco de aprecio por su piloto y sus creadores. De hecho, salvó la vida de Shinji incluso antes de pilotarlo. Tiene una capacidad increíble para alcanzar el modo berserker y asimiló el dispositivo S2, al comerse a un ángel. A pesar de todo, es el Evangelion que menos inestabilidad de todos sufre al cambiar de piloto, pudiendo ser pilotado por Rei o por el Dummy Plug. Tiene una configuración de dos ojos y es el que más aspecto humano posee. Quizá sea la máquina de guerra perfecta.

Shinji Ikari es el protagonista de Evangelion. Es hijo de Gendou y Yuri Ikari y nació poco después del Segundo Impacto. Desde que su padre le abandonó a la muerte de su madre, Shinji tuvo que vivir con un tutor y se apartó de todo lo relacionado con la sociedad por miedo a que le hicieran daño.

Es un chico con un escudo ante los seres humanos, y es normal verle contínuamente reflexionando sobre como es él y de que forma le ven los demás (si eres español me entenderás si digo que se ralla). Se presenta en Tokyo-3 el mismo día de la aparición de Sachiel, al recibir una carta de su padre que le pedía que fuera. Misato lo recoge y lo lleva a Nerv, lugar en el que se reencontrará con su padre y se dará cuenta que sólo le ha escrito porque quiere que pilote el Evangelion, el último arma de defensa contra el ángel. Shinji se negará, pero al ver que en su lugar tendría que salir a combatir la malherida Rei Ayanami decide pilotarlo él. Será ahí donde descubramos otra actitud de Shinji, siempre se preocupa por los demás. Cuando sale a combatir a Sachiel tendrá muchísimos problemas debido a que no sabe pilotar el Eva, pero no se sabe si por los golpes o por las comeduras de cabeza de Shinji, el Eva-01 alcanzará más de un 40% de sincronización y el modo berserker, destrozando a su adversario. A partir de ese día Shinji será conocido por todos como “el tercer niño, que inexplicablemente batió el record de sincronización en su primer contacto con Evangelion”.

Durante la serie se puede observar que Shinji es una persona con poca autoestima y que necesita el constante apoyo de los demás para seguir adelante. Prueba de ello son las tres veces que decide dejar de pilotar los Evangelion. También es un chico despistado y torpe, y sobre todo experto en sacar de quicio a gente intransigente como Asuka. Otra de las actitudes de Shinji es la lealtad ya que siempre estará dispuesto a protejer a los demás aunque eso vaya en contra de sus principios.

En resumen se puede decir que Shinji no es el típico héroe perfecto de manga, sino que al igual que todo el mundo tiene sus problemas, tanto físicos como psíquicos y que lo único que le dieferencia del resto es su lealtad y preocupación por los que tiene cerca. No es un anti-héroe pero tampoco un super-héroe.